故事发生在遥远的二零二零年，在同神秘生物“原肠动物”的战争中，人类首次尝到了彻底失败的滋味，土地被剥夺，权利被压榨，在冷酷的独裁统治之下，人类被迫过起了苟且偷生的压抑生活。然而，即便如此，坚强的人们仍然没有放弃反抗的机会，为了对抗强大的敌人，“天童民间警备公司”成立了。　　表面看来，里见莲太郎（梶裕

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。　　在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，

【STORY】　　生活着众多从未见过的新的Pocket Monster的新的世界，踏上伊苏地区的旅行。　　熟悉的组合，小智和皮卡丘，现在的两人又了微妙的变化，新的关键词是「速度感」和「新鲜感」　　在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石 珍珠》（Pokémon Diamond Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡